由于學生少，導致農村小規模學校的第二個困境是缺錢。

當前體制下，義務教育階段公用經費按生均撥付，學生少，撥付的公用經費自然就少。維持學校正常運轉所必須的辦公費、水電費、小型維修添置等都很困難，學校想要發展只能靠上級撥款。

盡管教師工資由財政全額撥款，但地方規定的獎勵性津補貼、改革性津補貼等還是需要學校自行承擔。學校只有公用經費這一項收入來源，無法兌現教師正常的工資待遇。加上退休教師也應享受獎勵性津補貼，由于各種原因，農村小規模學校退休教師偏多，有的甚至比在職教師多出一兩倍，更加重了學校的經濟負擔。

同時，學校雖小，學生也少，但作為一個獨立的法人單位，學校的各項工作又必須按要求完成，因此，學校運行的成本相對較高，學校更顯得捉襟見肘。

擺在農村小規模學校面前的第三個困境是環境差。

首先是地理環境差，這些學校往往都地處交通不便的小山溝，很偏僻，缺少生氣，孩子上學、教師上班都不方便。

其次是家長環境差，有能力的家長想方設法把孩子轉到鎮區或城區上學，剩下的家長要么對孩子的教育不聞不問，要么是隔代教養，這些家長不懂教育不說，還動輒對學校、對教師橫挑鼻子豎挑眼。

第三是學習環境差，留在小規模學校的孩子由于家長的不重視等各種原因，面臨一個相對不利的學習環境，不僅表現在學業成績上，在行為習慣的養成上也同樣出現問題。

最后是社會環境差，社會各界(包括教育界內部)和家長都對農村小規模學校有一種偏見，認為越小的學校越差，導致堅守的教師自覺“低人一等”，學校和教師的各項話語權也相對較弱。一些地方教育行政部門將犯了錯誤(違紀違規)的教師調到農村小規模學校作為懲罰(處分)，或將農村小規模學校中的優秀教師調到城區學校作為獎勵等“隱性歧視”，也讓堅守的農村小規模學校教師感到寒心。

另外，接送學生的車輛現在一般都要求是國標校車，但校車公司管理不到位，學校又無權無法干涉，導致校車司機可能“綁架”學校，按他接送的方便將招生片區內的學生拉到其他學校，可能出現同一個塆的孩子、同一輛校車接送、在不同學校就讀的現象，使得小規模學校招生更困難。