通知指出，近年來，各級農業行政主管部門高度重視轉基因作物監管工作，認真履行職責，嚴格依法監管，轉基因作物監管工作規范有序，但個別違法違規現象仍然存在。要加強５個環節的監管工作，包括試驗環節、南繁基地、品種審定環節、制種基地和種子加工經營環節。

通知要求，試驗環節要做到監管過程有記錄、監管內容有檔案、試驗材料可溯源。南繁基地實行準入制度，將轉基因試驗納入基地管理，實現對南繁單位檢測監測全覆蓋。嚴查在南繁基地私自開展轉基因試驗和育繁種行為，對違規試驗和繁種材料堅決鏟除。

在品種審定環節，對申請參加區域試驗的玉米、水稻、大豆等品種，申請單位要進行轉基因成分檢測，試驗組織單位要進行轉基因成分復檢，發現非法含有轉基因成分的要立即終止試驗。未獲得轉基因生物安全生產應用證書的品種一律不得進行區域試驗和品種審定。

此外，農業部門還將對西北、西南等主要制種和種子生產基地開展拉網式排查，加大種子檢測力度，嚴查親本來源，防止非法轉基因種子下地。開展種子加工和銷售環節轉基因成分抽檢，嚴防轉基因玉米、水稻、大豆和油菜種子冒充非轉基因種子生產經營。