四是管理體制分割制約著區域協調發展。一方面行政區劃成為地區間協調的壁壘。該地區分屬四川、云南、貴州三省，省（甚至市）之間在財稅、交通、市場、要素流通和產業鏈延伸方面合作動力不足，相鄰地區在產業定位與布局分工、發展規劃、城市集鎮體系建設諸多方面存在不合理、不優化和不必要的“消耗”。另一方面“九龍治水”管理方式與流域綜合管理的要求不適應。近年來，雖然流域綜合管理的思想已逐漸被各界接受，但由于涉水法律法規體系、行政管理體制、市場調控手段、社會參與方式、流域規劃體系、管理協調能力或是有所欠缺、或是落后于時代，長江流域綜合管理尤其是水資源的綜合調度亟待改進。

　　五是機制問題影響了地方長治久安和內生活力。首先是資源開發補償機制落后。以水能資源開發為例，庫區地方政府（主要是市縣）背負著水庫移民安置、社會穩定以及地質災害防治等沉重責任，卻沒能得到分享水電工程效益的保障，出現“守著電站缺電，大江沿岸用水難”的怪象。

　　其次是移民安置職能部門和管理機制有待完善。調研中基層干部反映移民工作是“下面子孫滿堂、上面缺爹少娘”。主要指的是國務院2006年471號令第五條提出“國務院水利水電工程移民行政管理機構（以下簡稱國務院移民管理機構）負責全國大中型水利水電工程移民安置工作的管理和監督”。但截至目前，國務院移民管理機構尚未成立，而水庫移民工作主要由水利部水庫移民開發局聯系中宣部、公安部、民政部、財政部、人力資源和社會保障部、國土資源部、國資委、稅務總局、審計署、電監會、三峽辦、南水北調辦、國家電網公司、南方電網公司等21個部門組成的部際聯席會議，以及國家發改委能源局正式成立的金沙江下游水電移民工作協調領導小組及辦公室在推動。但當前移民問題極為復雜。中央與地方、地方與地方、地方內部、地方與企業、企業與企業（央企與國企）之間反復利益博弈，許多在建水庫移民工作缺乏頂層設計、指導和監督。尤其跨省區的水電工程，存在矛盾較多。三峽移民有個三峽辦在考慮，移民權益就有較好保障，其他水庫移民只能靠地方政府與發電企業協商，力度不夠，標準不一，長期考慮和內生機制缺乏。我國西部連片貧困區很多是少數民族聚集地，水電建設如何帶動地方經濟社會發展，使移民“搬得出、穩得住、逐步富”，任重道遠。

　　第三是移民安置經費來源單一，安置政策缺乏統一性、長遠性和與時俱進。如金沙江水庫移民安置中，兩岸有的采取有土安置為主，有的采取逐年現金補償，出現“同庫不同策”、“同流域不同策”、移民相互攀比而激發不滿情緒的情況。2011年個別地區曾因在本省陸續出臺的三個有關水庫移民安置的文件前后標準不一、政策宣傳解釋不到位而引發了規模性移民群體事件。未來潛在矛盾的爆發不容小視。

　　第四是單一的國家長期輸血式和救濟式的扶貧機制，不利于區域自我創新發展活力的迸發。由于長江上游區域財政轉移支付缺少“獎勤罰懶”的政策設計，地方自我積累與創新發展的“造血”功能不斷弱化，經濟發展缺少內生改革的動力和活力。

二、 加大長江上游經濟帶經濟體制和生態文明體制改革與創新，突破生態文明建設“兩難”

　　當前，川滇黔已成為長江上游和西部地區經濟發展的重要增長極：一方面既要追求經濟發展（以四川省為例，2013年底還有接近700萬貧困人口，國家級貧困縣近40個）；另一方面又要保護和建設生態屏障，統籌協調資源環境的承載能力，為長江經濟帶建設提供安全支撐。我們認為，破解難題的關鍵就在于全面深化改革，以制度保護生態文明建設，以各種長效機制探索實踐經濟體制和生態文明體制綜合改革的系統方案。我們看到，川滇黔干部群眾全面深化改革的愿望非常迫切，探索實踐的“新模式”、新經驗十分寶貴，有率先改革實踐和做出示范的必要基礎和思想共識。但同時，在流域內跨省市綜合協調方面，在水電開發、黃金水道建設、區域經濟發展和生態保護方面，還存在著需要從國家層面解決的體制機制問題。我們建議，加大綜合改革力度，探索長江上游經濟帶經濟體制和生態文明體制融合的“新模式”。