14日，國家衛健委在官網發布消息稱，北京市新冠肺炎聚集性疫情發生后，國家衛生健康委迅速行動，指導北京市做好疫情防控相關工作。6月11日開始，國家衛生健康委黨組書記、主任馬曉偉多次主持召開專題會議，研究部署北京新冠肺炎聚集性疫情防控相關工作，向北京派出專家組指導防控工作，并對在京委屬委管醫院和全國面上進一步加強防控工作進行部署。

國家衛健委指出，目前疫情防控形勢依然十分嚴峻，疫情防控工作仍然存在不確定性。要強化底線思維和擔當意識,立足防大疫、打大仗，從防與治兩端發力，以堅決果斷、有力有效的舉措，將疫情扼殺于成災之前。要切實落實“外防輸入、內防反彈”的防控策略，健全及時發現、快速處置、精準管控、有效救治的常態化防控工作，盡快查清傳染源，有效阻斷傳播途徑，堅決遏制疫情蔓延擴散。

國家衛健委已經向北京派出委領導擔任組長的專家組指導防控工作，加強疫情形勢分析研判，有針對性地做好防控工作，并抽調有武漢工作經驗的防治專家，尤其是流行病學調查、環境消殺等方面的國家專家參加北京市相關工作。根據北京當前疫情情況對北京市防控工作提出“四個擴大”、“四個加強”和“四早”等明確要求。擴大北京市新發地等農貿市場的環境和物品采樣，擴大對北京市重點區域、重點人群的核酸檢測，擴大對病例密切接觸者、次密切接觸者的流行病學調查，擴大相關人員的隔離醫學觀察范圍。加強醫療機構發熱門診排查管理，加強醫院感染控制，加強疫情信息報告和發布，加強公眾宣傳教育。早發現、早報告、早隔離、早治療，切實落實病例2小時進行網絡直報，12小時反饋實驗室檢測結果，24小時完成流行病學調查。同時，組織專家定期發布權威信息，解疑釋惑。

6月13日，國家衛生健康委召開在京委屬委管醫院工作會，部署加強預檢分診和發熱門診管理、醫院感染控制、核酸檢測等防控措施，全力配合支持北京市做好疫情防控工作。同時，印發通知，部署各地進一步加強全國面上防控工作，做好相關人員追蹤隔離、組織對海鮮市場大排查，加強醫療機構發熱門診排查、相關人群核酸檢測等疫情監測工作，加強農貿市場相關環境、物品采樣檢測和環境消毒工作等防控措施提出明確要求。