《條例》加大了對違法行為的處罰力度。此前，2000年實施的《南京市地下文物保護管理規定》對破壞地下文物的違法行為最高處以2萬元罰款，違法行為成本極低，不能達到震懾目的，導致很多用地單位在項目建設過程中，即使發現地下文物，也不上報、不停工，甚至不惜破壞地下文物，既免去了支付考古經費，也不用耽誤工期。此次制定的《條例》提高了對違法行為的處罰力度，將相關的違法行為罰款額度提高至5萬元以上50萬元以下，構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。建設單位、施工單位、其他相關單位和個人違反本條例規定受到行政處罰的信息，應當依法記入本市信用信息系統。

地下文物屬于國家所有。任何單位和個人都有保護地下文物的義務，并有權制止和舉報破壞地下文物的行為。《條例》中明確，對在地下文物保護工作中有下列情形之一的單位或者個人，應當給予表彰或者獎勵：及時報告并提供地下文物線索，并經相關文物行政主管部門核查屬實的；制止破壞地下文物行為的；在地下文物考古發掘工作中做出突出成績的；協助追繳流失的出土文物，成績顯著的。

在立法過程中，該《條例》經過多次修改。據介紹，地下文物重點保護區作為原規定的核心制度設計，有力地保障了我市地下文物保護工作，考慮到文物保護工作的延續性，應當在條例中予以保留并加以明確。因此，修改新增第五條，繼續明確我市地下文物重點保護區的范圍，即：湯山、薛城史前遺址區；石頭城遺址區；六朝、南唐、明代西城及御道遺址區；長干里古居民區及越城遺址區；內秦淮河兩岸十朝遺存區；六朝陵墓區；明代開國功臣墓葬區；明代沐英家族墓地區；幕府山、雨花臺、鐵心橋、西善橋古墓葬群區；其他經市人民政府批準公布的區域。