SADS冠狀病毒導致疫情

基于SADS是一種未知病毒引起的新疫情這點假設，研究團隊開始正式解謎。

研究團隊從患病仔豬小腸中收集樣本，用高通量測序技術來進行宏基因組學分析。最終發現，SADS冠狀病毒和蝙蝠冠狀病毒HKU2序列匹配。通過重新組裝，研究團隊獲得了27173bp的SADS冠狀病毒基因，和HKU2冠狀病毒有95%的序列一致性。HKU2首先發現于在香港和廣東的中華菊頭蝠中。

研究團隊發現，在4個養豬場的急性病仔豬和母豬身上均檢測到了SADS冠狀病毒，在恢復或健康的豬身上則沒有，在附近沒有SADS跡象的養豬場里也沒有檢測到。

回顧性PCR分析顯示，在PEDV爆發的時候，A農場里還同時存在SADS冠狀病毒，該農場里于2016年12月提取的第一個樣本表現出SADS冠狀病毒強陽性。但從2017年1月中旬開始，SADS冠狀病毒成為了病豬里檢測到的主要病毒。

研究團隊認為，在PEDV感染完全檢測不到后出現了仔豬的大規模死亡這一事實，暗示是SADS冠狀病毒引起了豬的致命感染，是那些大規模疫情爆發的真正原因，PEDV則不是直接因素。

在SADS爆發高峰期、以及爆發后期，4個養豬場里都沒有檢測到PEDV和其他一直的豬腹瀉病毒的存在，這些都支持了上述結論。

來源于菊頭蝠

值得注意的是，盡管如前所述，SADS冠狀病毒和 HKU2冠狀病毒全基因組的一致性達到95%，但刺突蛋白基因序列的一致性僅86%。

刺突蛋白是什么？周鵬對澎湃新聞解釋，“冠狀病毒都是用刺突蛋白來入侵細胞，就像‘鑰匙’和‘鎖’一樣，它依賴于刺突蛋白和細胞表面的受體結合，然后才能進入細胞，成功感染，但如果這個刺突蛋白變異很大的話，它就不能利用受體了。”

周鵬強調，“基于這樣的原因， 86%一致性這樣的數據，我們認為SADS冠狀病毒和 HKU2冠狀病毒關系還不是最直接的。我們之前有做SARS經驗，最終發現跟SARS的刺突蛋白一致性達到97%、98%這個樣子，才能夠直接利用人的受體，感染成功。”

基于這個理論，研究團隊繼續找其他來源于蝙蝠的冠狀病毒。

研究團隊隨后篩選了團隊在2013年至2016年從廣東省的7個不同地點采集的591個蝙蝠肛門拭子。肛門拭子即用棉簽在蝙蝠的肛門處掏一下，而取樣時間則一般在每年的春季和秋季。

團隊篩選后發現，58(9.8%)個蝙蝠肛門拭子樣本顯示出陽性，且都來源于中華菊頭蝠。菊頭蝠因有結構復雜的馬蹄形鼻葉而得名，也是SARS等許多動物源病毒的重要宿主。

高通量測序則得出，這種來源于中華菊頭蝠中的冠狀病毒(暫時稱“SADSr冠狀病毒”)和SADS冠狀病毒在大小(27.2kb)上近似，總體序列一致性在96%-98%之間。

更重要的是，兩者刺突蛋白(樣本分別為162149和141388)的序列一致性超過了98%。

周鵬提到，“我們目前的結論是，后來在蝙蝠中發現SADSr冠狀病毒可能是病豬中發現的這個新病毒SADS冠狀病毒的祖先，但同樣直接來源于蝙蝠中的HKU2冠狀病毒和SADSr冠狀病毒可能來源于一個祖先。”

石正麗還提到，團隊在豬場周圍確實發現，有蝙蝠在豬場周圍飛翔。“這些豬場感覺是比較新建的，它的位置是在城外，旁邊就是一個小山丘，我們認為這個小山丘附近是有蝙蝠棲息地的。所以很明顯這個傳播途徑就是通過糞便污染豬場的環境，最后污染到豬。”

不過，周鵬同時提到，“盡管我們認為SADS冠狀病毒是一種完全新型的病毒，但現在有一個困難是我們還沒有鑒定出這種新型蛋白它的受體是什么，所以還不好這樣說。”