一是落實黨中央決策部署不堅決不徹底。甘肅省委和省政府沒有站在政治和全局的高度深刻認識祁連山生態環境保護的極端重要性，在工作中沒有做到真抓真管、一抓到底。2016年5月，甘肅省曾經組織對祁連山生態環境問題整治情況開展督查，但未查處典型違法違規項目，形成督查報告后就不了了之。甘肅有關省直部門和市縣在貫徹落實黨中央決策部署上作選擇、搞變通、打折扣，省安全監管局在省政府明確將位于保護區的馬營溝煤礦下泉溝礦井列入關閉退出名單的情況下，仍然批復核定生產能力并同意復工。張掖市委認為祁連山生態環境保護整改落實工作不屬于市委常委會研究的重大問題，市委常委會沒有進行專題研究部署，并在明知有的項目位于保護區、違反保護區管理要求的情況下，仍多次要求有關縣加快辦理項目手續。

二是在立法層面為破壞生態行為“放水”。甘肅省有關方面對“五位一體”總體布局和新發展理念認識不深刻，片面追求經濟增長和顯績，長期存在生態環境為經濟發展讓路的情況。《甘肅祁連山國家級自然保護區管理條例》歷經三次修正，部分規定始終與《中華人民共和國自然保護區條例》不一致，將國家規定“禁止在自然保護區內進行砍伐、放牧、狩獵、捕撈、采藥、開墾、燒荒、開礦、采石、挖沙”等10類活動，縮減為“禁止進行狩獵、墾荒、燒荒”等3類活動，而這3類都是近年來發生頻次少、基本已得到控制的事項，其他7類恰恰是近年來頻繁發生且對生態環境破壞明顯的事項。2013年5月修訂的《甘肅省礦產資源勘查開采審批管理辦法》，違法允許在國家級自然保護區實驗區進行礦產開采。《甘肅省煤炭行業化解過剩產能實現脫困發展實施方案》違規將保護區內11處煤礦予以保留。張掖市在設定全市黨政領導干部績效考核時，把2015年和2016年環境資源類指標分值分別設為9分和8分，低于2013年和2014年11分的水平。

三是不作為、亂作為，監管層層失守。在祁連山生態環境保護方面，甘肅省從主管部門到保護區管理部門，從綜合管理部門到具體審批單位，責任不落實、履職不到位問題比較突出，以致一些違法違規項目暢通無阻，自然保護區管理有關規定名存實亡。省國土資源廳在2014年10月國務院批復甘肅祁連山國家級自然保護區劃界后，仍違法違規延續、變更或審批14宗礦權，性質惡劣。省發展改革委在項目核準和驗收工作中，以國土、環保、林業等部門前置審批作為“擋箭牌”，違法違規核準、驗收保護區內非法建設項目。省環境保護廳不僅沒有加強對有關部門工作的指導、監督，反而在保護區劃界確定后仍違法違規審批或驗收項目。省政府法制辦等部門在修正《甘肅祁連山國家級自然保護區管理條例》過程中，明知相關規定不符合中央要求和國家法律，但沒有從嚴把關，致使該條例一路綠燈予以通過。

四是不擔當、不碰硬，整改落實不力。在祁連山生態環境問題整改落實中，普遍存在以文件落實整改、以會議推進工作、以批示代替檢查的情況，發現問題不去抓、不去處理，或者抓了一下追責也不到位，不敢較真碰硬、怕得罪人，甚至弄虛作假、包庇縱容。從2013年至2016年，甘肅省對祁連山生態環境保護不作為、亂作為問題基本沒有問過責。承擔整改任務較重的林業、國土、環保、水利等部門雖然開了會議、發了文件，但抓落實不夠。省林業廳及甘肅祁連山國家級自然保護區管理局不僅對保護區內大量違法違規建設項目監督不力，對大量生態破壞行為查處不力，反而違規許可多個建設項目。張掖市在約談整改中避重就輕，有31個生態破壞項目沒有納入排查整治范圍；52個違法違規探礦項目中有31個采取簡單凍結辦法，沒有制定有效退出機制和保障措施。

為嚴肅法紀，根據《中國共產黨問責條例》《中國共產黨紀律處分條例》《黨政領導干部生態環境損害責任追究辦法（試行）》等有關規定，按照黨政同責、一崗雙責、終身追責、權責一致的原則，經黨中央批準，決定對相關責任單位和責任人進行嚴肅問責。