同一個賬戶公私混用屬實，但那筆被陳哲宇他們分配的50萬元，是否完全屬于被套取的科研經費的一部分？此50萬是否就是彼50萬？這成為該案備受爭議的要點之一。面對公訴人，他曾反問對方：如果你從一個賬戶中取出部分錢買了一臺電視，你能說明這部分錢是源自去年哪個月的工資嗎？

陳哲宇認為，造成目前這個局面，更多的原因還是在于科研經費管理和使用的體制問題上。

近年來，針對科研經費管理體制的問題一直有討論。雖然國家層面也在出臺或修改相關政策，但正如一位專家所說：在實際的科研經費管理中，中央開了一個三米寬的大門，但到了行政執行層面，被各種規定和細則約束得只剩下三厘米的門縫兒了。

套取科研經費的行為應該譴責

陳哲宇在被帶走后曾對律師做過一個比喻：科研經費如同一桶水，按要求是申請一個瓢去舀，但申請程序很繁雜，且很可能瓢申請來了，水也壞了。“所以我用勺子去兜了幾勺用于維系實驗室的科研。”其二審律師周澤認為，這幾勺的量遠遠少于陳哲宇及其團隊所應得的。他覺得，無論是套取的400萬科研經費還是引發此案的那50萬元，真正導致目前狀況的實則是科研經費管理體制的問題。

據中青報報道，2015年3月，在完成對科技部、中科院的巡視后，全國人大常委、曾任中央第十巡視組組長的令狐安痛心地指出，普遍存在的科研經費報銷問題，大部分屬于現行規定及制度不合理造成的“逼良為娼”的現象。

中國人民大學法學院教授、博士生導師肖中華也曾就類似案例撰文稱，科研人員采取不正當手段套取科研經費的行為，具有可譴責性，但不應認定為貪污罪。

中國社會科學院法學研究所副研究員支振鋒向錢報記者表示，科研經費只能用于協議所規定的研究目的。除非協議中有規定，科研人員可以通過開公司來就技術進行試驗或檢測，否則不允許通過公司來對經費進行操作。