《暫行辦法》指出，采取認定方式確定一流大學、一流學科建設高校及建設學科。

設立世界一流大學和一流學科建設專家委員會，由政府有關部門、高校、科研機構、行業組織人員組成。專家委員會根據《總體方案》要求和本辦法，以中國特色學科評價為主要依據，參考國際相關評價因素，綜合高校辦學條件、學科水平、辦學質量、主要貢獻、國際影響力等情況，以及高校主管部門意見，論證確定一流大學和一流學科建設高校的認定標準。

《暫行辦法》提出，根據認定標準專家委員會遴選產生擬建設高校名單，并提出意見建議。教育部、財政部、發展改革委審議確定建議名單。

《暫行辦法》提出，列入擬建設名單的高校要根據自身實際，以改革為動力，結合學校綜合改革方案和專家委員會咨詢建議，確定建設思路，合理選擇建設路徑，自主確定學科建設口徑和范圍，科學編制整體建設方案、分學科建設方案(以下統稱建設方案)。建設方案要以人才培養為核心，優化學科建設結構和布局，完善內部治理結構，形成調動各方積極參與的長效建設機制，以一流學科建設引領健全學科生態體系，帶動學校整體發展。以5年為一周期，統籌安排建設和改革任務，綜合考慮各渠道資金和相應的管理要求，設定合理、具體的分階段建設目標和建設內容，細化具體的執行項目，提出系統的考核指標體系，避免平均用力或碎片化。高校須組織相關專家，結合經濟社會發展需求和國家戰略需要，對建設方案的科學性、可行性進行深入論證。

《暫行辦法》提出，論證通過的建設方案及專家論證報告，經高校報所屬省級人民政府或主管部門審核通過后，報教育部、財政部、發展改革委。專家委員會對高校建設方案進行審核，提出意見。

《暫行辦法》提出，教育部、財政部、發展改革委根據專家委員會意見，研究確定一流大學、一流學科建設高校及建設學科，報國務院批準。