迄今為止，中華文明探源工程分為預(yù)備性研究和第一、二、三、四、五階段。

中華文明探源工程預(yù)備性研究(2001—2003年)。由于這一項目涉及的時間和空間范圍廣，參與的單位和學(xué)科多，研究的內(nèi)容復(fù)雜，項目的組織和實(shí)施難度較大，因此首先于2001—2003年進(jìn)行了“中華文明探源工程預(yù)備性研究”。預(yù)備性研究設(shè)置了“歷史文獻(xiàn)與古史傳說研究”“天文考古學(xué)研究”“史前符號匯集及其與文字關(guān)系研究”“關(guān)鍵遺址的測年技術(shù)研究”“冶金術(shù)研究”“文明形成時期的資源與貿(mào)易研究”“文明形成時期的經(jīng)濟(jì)狀況研究”“文明形成時期聚落與社會研究”“環(huán)境變遷與文明演進(jìn)關(guān)系研究”等9個課題。經(jīng)過研究，各個課題獲得了不同程度的進(jìn)展。預(yù)備性研究最大的收獲是，初步摸索出一套多學(xué)科結(jié)合研究中華文明起源和早期發(fā)展的技術(shù)路線和實(shí)施方案，為正式開展中華文明探源工程奠定了堅實(shí)基礎(chǔ)。

中華文明探源工程第一階段(2004—2005年)。這一階段開展“公元前2500年—公元前1500年中原地區(qū)文明形態(tài)研究”。這一時間段是龍山時代晚期到商朝初年。主要探討中原地區(qū)這一時期的環(huán)境背景和經(jīng)濟(jì)技術(shù)發(fā)展?fàn)顩r及其在文明形成過程中的作用、各個都邑性遺址的年代、中原地區(qū)文明形成期的聚落形態(tài)所反映的社會結(jié)構(gòu)、中原地區(qū)早期文明形態(tài)等問題。之所以從中原地區(qū)入手，是因?yàn)樵摰貐^(qū)考古學(xué)文化譜系已經(jīng)建立，又有較多歷史文獻(xiàn)和古史傳說作為參考，比較容易推動相關(guān)研究。

中華文明探源工程第二階段(2006—2008年)。在第一階段的基礎(chǔ)上，把研究的時間范圍擴(kuò)展到公元前3500年—公元前1500年，空間范圍從黃河中游擴(kuò)展至黃河上、中、下游，長江中、下游和遼河流域等地，主要研究該時間段中各個地區(qū)都邑和區(qū)域中心性遺址及其所屬考古學(xué)文化的年代、環(huán)境變化、經(jīng)濟(jì)技術(shù)發(fā)展?fàn)顩r和社會結(jié)構(gòu)變化。

中華文明探源工程第三階段(2009—2012年)。在前一階段的基礎(chǔ)上繼續(xù)深化研究，研究的時間范圍依然是公元前3500年—公元前1500年，重點(diǎn)研究課題包括黃河、長江及西遼河流域考古學(xué)文化年代譜系的完善和各地文明化進(jìn)程中重大事件的年代學(xué)研究，各地區(qū)環(huán)境變化與文明演進(jìn)的關(guān)系研究，各地區(qū)技術(shù)和生業(yè)的發(fā)展以及銅、玉、鹽等重要資源與文明形成的關(guān)系研究，都邑性聚落和各個區(qū)域中心性聚落反映的社會結(jié)構(gòu)研究，文明形成過程中精神文化的發(fā)展?fàn)顩r研究，中華文明形成和早期發(fā)展的整體性研究。

中華文明探源工程第四階段(2013—2018年)。這一階段的工作主要是對第三階段設(shè)置的年代、環(huán)境、生業(yè)、都邑和聚落反映的社會結(jié)構(gòu)以及整合研究等幾大課題繼續(xù)開展研究，在此基礎(chǔ)上形成第四階段結(jié)項報告。

中華文明探源工程第五階段(2020—2024年)。這一階段仍然延續(xù)探源工程前四階段的方針和技術(shù)路線，將近幾年新發(fā)現(xiàn)的距今5500年到3500年的重要遺址納入工程中，并加強(qiáng)了理論闡釋方面的力度。（王慧峰）