一是提升疾控系統治理效能。嚴格按照改革方案有序推進四級疾控機構改革。盡快調整原衛生部40號令和相關規定，做好國家疾控局與疾控中心等職能劃分，強化上級疾控機構對下級疾控機構的業務領導和工作協同，建好上下聯動的分工協作機制，突出各級不同的核心職能。盡快出臺疾控機構建設新標準。國家、省級疾控機構應建設數量足夠、區域均衡的實驗室、菌毒種保藏中心，縮小檢驗檢測服務半徑。

二是加強專科疾病防治機構建設。盡快補齊四川等19省（市、區）沒有省屬傳染病醫院的短板，確保縣級醫院設置傳染病科室。加強專科疾病防治體系建設，構建專科醫聯體和聯盟，在醫保政策、收費項目等方面建立價格收費動態調整機制。建立達到同級綜合醫療機構待遇平均水平的保障機制，提升崗位吸引力，放寬疾病防治專科醫生執業準入條件，加大非專科醫生轉崗力度。

三是建立穩定的投入機制。持續加大公共衛生投入，疾控機構運轉經費增長不低于地方經常性財政支出增長水平。解決部分投入結構不合理、不平衡問題，提高財政資金使用效率。堅持以滿足重特大突發公共衛生事件應對處置需要為標準，打造醫療防治、物資儲備、產能動員一體化保障體系。科學長遠規劃公共衛生科研體系，與強化生命健康國家戰略科技力量緊密結合，提高科技戰略儲備水平。