但是，在推進醫保綜合改革過程中，還存在一些機制性問題，主要表現在：一是醫保資金監管模式不完善。醫保管理機構主要關注醫保資金安全，資金使用效率有待進一步提高。二是無序就醫、醫療資源配置浪費。醫療服務是市場失靈的領域，服務提供者和獲得者信息不對稱。目前的醫保資金使用政策客觀上導致患者隨意挑選醫療機構（特別是大型醫院），容易造成醫療秩序混亂。三是醫保資金結余留用存在政策障礙。醫保部門對“結余留用，超支合理分擔”的醫保基金打包付費政策有不同看法，認為醫保基金是群眾的救命錢，只能用于醫療費。四是商業保險發展不充分，不能滿足多層次、可持續的醫保服務需求。

為此，建議深化支付方式改革，盡快修訂《醫保資金管理辦法》，具體工作措施建議如下：

一是拓寬醫保資金使用范圍，加大健康促進力度。明確醫保資金除了支付居民基本醫療費外，也可考慮逐步用于人群的正常體檢，也可以用于支付家庭醫生簽約和慢性病管理服務費，調動基層衛生機構的積極性。

二是強化資金使用監管，提高資金使用績效。以醫聯體、醫共體為打包付費單元，實行按人頭、按床日、按病種等多種付費方式，落實“結余留用，超支合理分擔”，結余部分由醫聯體單位按照協議合理分配，調動醫療機構和醫務人員控費的積極性。

三是落實“基層首診”就診原則。引導患者合理選擇醫療機構就診，不按規定就診的，降低醫保報銷比例，甚至不報銷。

四是大力推進商業保險介入醫保改革。積極構建基本醫保、商業醫保等多層次的醫保格局。