8月1日，國家衛生計生委發出的《關于印發洪澇災害后衛生防疫有關方案的通知》指出，洪澇災害發生后，應重點關注霍亂、痢疾、傷寒副傷寒、其他感染性腹瀉、病毒性肝炎（甲肝、戊肝）、流行性出血熱、鉤端螺旋體病（鉤體病）、乙型腦炎（乙腦）、血吸蟲病、流感、流行性出血性結膜炎（紅眼病）等傳染病的防控。

《通知》要求，災區各級醫療衛生機構和臨時醫療點要加強傳染病疫情監測，適時開展癥狀監測，一旦發現疑似傳染病病例和聚集性疫情，災區的疾控機構和醫療機構人員要及時趕赴疫情發生地，按照突發公共衛生事件處置的原則和方法，迅速采取防控措施，防止疫情擴散和蔓延。

同時，國家衛生計生委印發的《洪澇災害災區傳染病暴發疫情調查與控制要點》《洪澇災害災區傳染病和突發公共衛生事件監測技術指南》《洪澇災害災民安置點衛生狀況與需求快速評估技術指南》等12個2017年版洪澇災害后衛生防疫有關技術指南和方案。