2010年12月，中國國家發展和改革委員會核準廣州港南沙港區三期工程項目。2012年8月，該三期工程進行大規模吹填造陸。

南沙集裝箱一期、二期工程已于2004年、2006年陸續投產，如今隨著南沙集裝箱三期工程的竣工，廣州港南沙港區主岸線總長度已達5718米，有16個萬噸級專業化集裝箱深水泊位形成規模運作，配備有適應超巴拿馬型(例如超級油輪和超大型集裝箱船)集裝箱船作業的裝卸岸橋61臺。

廣州港集團介紹，目前，南沙三期碼頭已開辟5條外貿集裝箱班輪航線，計劃2017年完成集裝箱吞吐量300萬標準箱。今年一季度，南沙三期碼頭完成集裝箱吞吐量56.54萬標準箱，同比增長91.66%。

廣州港集團同時介紹，今年第一季度，南沙郵輪母港共接待出入境旅客115582人，同比增加46218人，增長66.6%。